Раньше пункция фолликулов и забор яйцеклеток проводились через переднюю брюшную стенку (трансабдоминально) при лапароскопиии, проводится под наркозом и сейчас используется очень редко по особым показаниям.
В настоящее время в основном используется трансвагинальный способ, при котором пункция яичников осуществляется через влагалище с помощью специальной иглы, под контролем ультразвукового исследования. Благодаря минимальной травматичности и болезненности, трансвагинальный способ пункции яичников удобен для пациенток и врачей, выполняется амбулаторно. Для обеспечения большего комфорта пункцию можно проводить под обезболиванием.