Если инсеминация проводится на фоне гормональной стимуляции овуляции, наиболее частым осложнением является синдром (СГЯ).
При введении спермы в полость матки и попадании ее в брюшную полость через маточные трубы, возможна болевая реакция. В стимулированных циклах, когда происходит овуляция нескольких фолликулов, возможно наступление многоплодной беременности. Внематочная беременность и искусственной инсеминации может возникать с такой же частотой как и при обычном зачатии.