Если инсеминация проводится на фоне гормональной стимуляции овуляции, наиболее частым осложнением является синдром (СГЯ). 
При введении спермы в полость матки и попадании ее в брюшную полость через маточные трубы, возможна болевая реакция. В стимулированных циклах, когда происходит овуляция нескольких фолликулов, возможно наступление многоплодной беременности. Внематочная беременность и искусственной инсеминации может возникать с такой же частотой как и при обычном зачатии.

Внутриматочная искусственная инсеминация - это введение спермы с помощью специального катетера в полость матки. Показаниями к искусственной инсеминации могут быть некоторые формы мужского, эндокринного и иммунологического бесплодия. Непременным условием для проведения этой процедуры является нормальная проходимость маточных труб. В естественном цикле или на фоне гормональной стимуляции овуляции в благоприятный для беременности день (период овуляции) женщине вводят предварительно подготовленную сперму мужа или донора. Эффективность этой процедуры достигает 10-20 %.

Программа "суррогатных матерей" дает шанс иметь ребенка женщинам, у которых по разным причинам удалена матка или есть тяжелые заболевания (сердца, почек и т. п.), являющиеся противопоказанием для вынашивания беременности. В этих случаях используются собственные яйцеклетки и сперма бесплодной супружеской пары. Полученные же эмбрионы переносятся в полость матки здоровой женщины - "суррогатной матери", которая и будет вынашивать все девять месяцев эту, донорскую для нее, беременность

Бесплодие у некоторых женщин связано с тем, что в их яичниках, в следствие некоторых патологических состояний (преждевременный климакс, повреждение яичников при химиотерапии и радиологическом лечении), не происходит роста фолликулов и созревания яйцеклеток. В таких случаях яйцеклетки получают от другой здоровой женщины - донора, оплодотворяют эти донорские яйцеклетки спермой мужа бесплодной пациентки или спермой донора и полученные эмбрионы переносят в матку бесплодной женщине. Эта программа может быть использована при удаленных яичниках или при высоком риске передачи ребенку генетических болезней.

Hесмотpя на то, что эти опеpации относятся к минимально инвазивным (тpавматичным), небольшой pиск pазвития послеопеpационных осложнений все равно существует.
Возможные осложнения операций на яичке и его придатке:

• гематомы мошонки возникают в pезультате повpеждения мелких кpовеносных сосудов, что чаще случается во время опеpаций с pазpезом кожи мошонки. Обычно гематомы лечатся консеpвативно и полностью рассасываются в течение 2-3 недель.
• интpатестикуляpные (внутpияичковые) гематомы возникают в результате локальных кровоизлияний при пункции яичка. В большинстве случаев они не опpеделяются пpи ощупывании, являются пpеходящими, и бесследно исчезают чеpез 6 месяцев.
• инфициpование опеpационной pаны встpечается чаще после опеpаций с разрезом кожи. Профилактика этого осложнения проводиться назначением антибиотиков в послеоперационном периоде.

Яйцеклетка имеет плотную наружную оболочку, которая называется блестящей. При некоторых заболеваниях способность сперматозоидов проходить через эту оболочку может быть нарушена - такие сперматозоиды не могут оплодотворить яйцеклетку. ИКСИ - это введение с помощью специальных микроманипуляторов одного сперматозоида прямо в цитоплазму яйцеклетки. Эта микроманипуляция обеспечивает оплодотворение и дает возможность иметь детей в целом ряде совершенно безнадежных случаев мужского бесплодия.

Уже сегодня, благодаря имеющимся методикам, возможна диагностика большого числа генетических заболеваний: муковисцедоза, гемофилии, таласемии, болезни Тея-Сакса, дефицита 1-антитрипсина и других. Кроме этого, предимплантационная диагностика позволяет предупредить рождение ребенка с уродствами и болезнью Дауна у женщин старше 35 лет, которые в связи с возрастом имеют высокий риск рождения ребенка с такими отклонениями.